La Agencia fue creada en el año 1996, mediante el Decreto PEN N° 1660/96, en marco de una reforma del Sistema de Ciencia y Tecnología. El 20 de mayo de 1997 inició su actividad cuando los nueve miembros de su Directorio se reunieron por primera vez.

Comenzamos a funcionar con los dos primeros fondos financiadores: el Fondo Tecnológico Argentino (FONTAR) y el Fondo para la Investigación Científica y Tecnológica (FONCyT) acompañados por dos unidades de apoyo: la Unidad de Control de Gestión y Asuntos Legales y la Unidad Funcional Financiero Administrativa (UFFA).

En 2004 con la sanción de la Ley N° 25.922 de Promoción de la Industria del Software pudimos poner en marcha un nuevo fondo: el Fondo Fiduciario de Promoción de la Industria del Software (FONSOFT). A su vez, incorporamos otra unidad de apoyo destinada a promover la difusión de la Ciencia, Tecnología e Innovación y divulgar las actividades de nuestra Agencia: la Unidad de Promoción Institucional (UPI).

Dos años después, con el fin de consolidar la capacidad de gestión, el aseguramiento de la calidad, y la promoción y evaluación de los programas de financiamiento, creamos las siguientes unidades de apoyo: la Unidad de Gestión Socio Ambiental (UGSA), la Unidad de Sistemas Informáticos (USI) y la Unidad de Evaluación y Aseguramiento de la Calidad (UEAC).

En diciembre del 2007, se creó el Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación Productiva, para priorizar y jerarquizar las políticas de Ciencia, Tecnología e Innovación Productiva. La Agencia se incorporó como organismo desconcentrado bajo el nuevo Ministerio.

En el año 2009 creamos el Fondo Argentino Sectorial (FONARSEC), a través del cual asumimos el diseño y la gestión de herramientas asociativas mediante la conformación de consorcios públicos-privados, con el objeto de mejorar la competitividad en varios sectores, contribuir a la solución de problemas diagnosticados y dar respuesta a las demandas de la sociedad, las empresas y el Estado.

La Agencia en su conjunto experimentó un fuerte crecimiento en la presentación y evaluación de proyectos a lo largo de sus 20 años, recibiendo y evaluando en la historia del organismo más de 60.000 propuestas. Por la diversificación de instrumentos de promoción que acompañó a una mayor asignación presupuestaria para la investigación científica y de la innovación productiva, el 67% de estos proyectos fueron gestionados en los últimos 10 años.

Del total de proyectos presentados en su historia, la institución ha adjudicado un 48% de los mismos, lo cual implicó gestionar la ejecución de más de 30.000 proyectos de ciencia, tecnología e innovación, muchos de los cuales contienen multiplicidad de acciones y actores asociados. Algo similar sucede en el campo de la evaluación, que incluyendo reconsideraciones excede ampliamente las más de 60.000 propuestas totales recibidas.

El 74% de los proyectos adjudicados se concentró en los últimos 10 años, durante los cuales se creó una cantidad significativa de nuevos instrumentos, varios de ellos con hasta tres llamados por año.

La amplia cartera de instrumentos que caracteriza a Agencia ha sido resultado de un proceso evolutivo a través del cual se atendieron desafíos cada vez más complejos como el desarrollo de sectores económicos intensivos en conocimiento y la asociatividad entre empresas y centros de I+D. A lo largo de estos 20 años se crearon 70 herramientas de promoción, de los cuales 25 estaban vigentes al momento de su décimo aniversario y 47 integraban la oferta de los cuatro fondos en 2017.

En su trayectoria, la Agencia fue acompañada por diversas fuentes de crédito externo, que potenciaron los recursos del Tesoro Nacional. En primer lugar, el Banco Interamericano de Desarrollo (BID) acompañó estas iniciativas desde el inicio. Durante la última década se sumaron el Banco Mundial (BM), la Corporación Andina de Fomento (CAF) y el Banco Centroamericano de Integración Económica (BCIE) en su primera operación con la Argentina.

Tras alojarse provisoriamente en una sede de la Universidad Nacional de Luján y luego en el tradicional edificio de Avenida Córdoba, la Agencia se ubica actualmente en el Polo Científico Tecnológico de Palermo que nuclea a los principales organismos nacionales de promoción y políticas de la CyT, trabajando en forma colaborativa como en pos de la articulación creciente del sistema de ciencia y tecnología nacional.